农民工支付保证金的缴纳比例根据工程合同价款的不同而有所不同，具体如下：
合同价款在100万元以下的，按合同价款的5%预存；
合同价款在100万元以上至200万元的，按合同价款的4%预存；
合同价款在200万元以上至500万元的，按合同价款的3%预存；
合同价款在500万元以上的，按合同价款的2%预存。
此外，对于特殊情况的处理，建筑施工企业应在动用之日起10日内按动用金额的200%补存工资保证金。
请根据您的具体情况选择相应的比例进行缴纳。
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